فعالیت مجموعه مدارس مهرآیین، همزمان با تاسیس دبیرستان دوره اول پسرانه آغاز شد. این مدرسه در سال ۱۳۸۳، با هدف پرورش و تربیت دانش آموزان تیز هوش و اخلاق مدار . با شعار ” مهرآیین، مدرسه زندگی” شروع به کار کرد. در طول این سالها در کنار موفقیتهای بینظیر آموزشی، همیشه در زمینه تربیت اخلاقی دانشآموزان و شادابی آنها سرآمد بوده است. در حال حاضر این مقطع در دو واحد، واقع در محدوده زعفرانیه و فرمانیه آماده خدمت رسانی به دانشآموزان عزیز است .
دبیرستان دوره اول مهرآیین، از زمان تاسیس تا کنون پذیرای بالغ بر ۱۰۰۰ دانشآموز بوده است